17 мая 1994 года руководитель ФПС, генерал-полковник А. И. Николаев подписал приказ о формировании специальных разведывательных подразделений пограничных войск России, к которым относились группы «С» («Сигма»), находившиеся в прямом подчинении начальника штаба ПВ отдельные группы специальной разведки (ОГСпР), находившиеся в прямом подчинении начальникам штабов пограничных округов и взводы войсковой разведки (ВВР) при маневренных группах пограничных отрядов, находившиеся в прямом подчинении начальников штабов пограничных отрядов.
Создание спецподразделений «Сигма» началось 1 февраля 1995 года. В течение 1995 года были сформированы два подразделения — в Москве и в Краснодаре.
Первым командиром подразделения был назначен офицер спецподразделения «Альфа» ЦСН ФСБ РФ, в прошлом выпускник пограничного училища, подполковник Игорь Феликсович Митрофанов.
В ноябре 2007 года заместитель главы пограничной службы, генерал-лейтенант Николай Рыбалкин сообщил, что Пограничная служба ФСБ России вновь создает собственный спецназ, который будет действовать на самых опасных участках Государственной границы. Информация о местах дислокации, выполняемых задачах и проводимых операциях является закрытой. Известно только то, что подразделения специального назначения, выполняющие свои задачи на Государственной границе и приграничных территориях, в составе ФСБ России, существуют. Для выполнения таких задач необходимы понимание и анализ специфики такой работы на государственной границе и прилегающих территориях.
